El Puerto de Fray Bentos se encuentra ubicado en la ciudad del mismo nombre, sobre la margen izquierda del río Uruguay, a 317 Km. de Mdeo.
La distancia a Nueva Palmira es de 92 Km. (Km. 0 de la Hidrovía Paraná- Paraguay) y entre 385 y 560 Km. a Mdeo., dependiendo se utilice el Canal Martín García o el Canal Paraná Mitre.
Su excelente ubicación geográfica es favorecida aún más por la accesibilidad vial con que cuenta .Tiene acceso carretero a través de la ruta 2 , al sur del país , la cual conecta a su vez con la ruta 24 y ésta con la 20 y 25, espinas dorsales del movimiento maderero.
Dos ramales ferroviarios, que transitan por las zonas de producción forestal, llegan hasta el extremo de ambos muelles.
El puerto está próximo al puente internacional Fray Bentos - Puerto Unzué, que permite la conexión más corta de Montevideo con Buenos Aires y facilita la interconexión de cargas entre Uruguay y la zona agrícola e industrial del litoral argentino, hacia el oeste con Chile y hacia el este con Río Grande del Sur en Brasil.
Integrado a la fértil región agrícola y pecuaria del litoral oeste uruguayo, el Puerto de Fray Bentos cuenta con un ágil sistema de cintas transportadoras de granos con una capacidad de carga de 500 t/h y una capacidad de descarga de 120 t/h.
Tiene dos muelles de embarque de hormigón: el muelle trasatlántico o de ultramar, de 200 metros con 34 metros de ancho y el muelle de cabotaje o de unión con una extensión de 225 metros de largo por 22m de ancho, ambos firmemente acentados sobre fundaciones de pilotes cilíndricos, formando un ángulo de 45º en la misma dirección del río. Estas amplias proporciones permiten operar con rapidez y comodidad.
El calado de este puerto tiene aproximadamente 9 mt. en el muelle de Ultramar y 7 mts. en el Fluvial
El puerto está ubicado en el corazón de la región litoral de suelos de prioridad forestal, señalizados por el Plan Forestal. Los principales productos movilizados son el citrus, madera en rolos y granos (cebada y maíz), utilizándose el muelle transatlántico para madera y cítricos y el de unión o cabotaje para granos y citrus.